مكتب التعاون ويختص بالاتي:-
1- التنسيق مع الهيئات والمنظمات والوكالات العربية والدولية التي تربطها بليبيا اتفاقيات ومعاهدات.
2- تمكين المرشحين بالمؤسسة أو من خلالها بالالتحاق بالدورات التدريبية والمنح والحلقات الدراسية والمؤتمرات التي تقيمها المنظمات والهيئات والمنظمات العربية والدولية .
3- التنسيق وإتمام الإجراءات المتعلقة بزيارات الخبراء من الهيئات والمنظمات العربية والدولية .
4- متابعة تنفيذ المشاريع الوطنية والإقليمية .
5- إعداد ومتابعة النظام الوطني للحصر والتحكم في الموارد النووية .
