يضم المكتب في هيكله التنظيمي القسمين التاليين :
أولا : قسم بناء قدرات الأمن النووي ويختص بتنفيذ المهام التالية:
- اجراء الدراسات وتحليل مهام الوظائف وتفصيل انشطتها ومقاييس الأداء.
- إعداد وتطوير الخطط ومناهج التدريب بشكل مفصل .
- تصميم البرامج والأدوات والأساليب والورش والمعامل التدريبية .
- تنفيذ البرامج التدريبية في مجالات الأمن النووي والحماية المادية.
ثانيا : قسم خدمات دعم الأمن النووي ويختص بتنفيذ المهام التالية :
- دراسة وتحليل وتقييم حال المنشآت أمنياً.
- تصميم نظم الحماية المادية للمواد النووية والمصادر المشعة والمنشآت ذات العلاقة .
- تحديد المواصفات الفنية لمنظومات الحماية المادية.
- تطوير منظومات الحماية والإشراف على تنفيذها.
- توفير الموارد التقنية والعلمية لدعم مجموعات الاستجابة.
- إدارة أمن المعلومات والأمن السيبراني.
- تقديم المشورة بشأن مسائل الأمن النووي للجهات ذات العلاقة.
